root (of a plant)
stump (of a tree)
root (of a problem, etc.); base; foundation; origin; source
木の根っ子を掘り起こした。
I dug up the tree's roots.
問題の根っ子には長年の誤解があった。
At the root of the problem was a long-standing misunderstanding.
根っ子から問題を解決しなければ同じことが繰り返される。
Unless the problem is solved at the root, the same thing will keep happening.